Das Pfaffenhofener Wappen zeigt eine fleischfarbene Priestertonsur mit schwarzem Haarkranz auf silbernem (weißen) Grund.
Das erste, von 1482 bis 1611 belegte Dorfsiegel lässt im Schild hinter einem Zaun eine menschliche Gestalt erkennen. Nach farbigen Zeichnungen dieses Wappens, deren älteste von 1535 stammt, stellt dieses Bild einen Priester (Pfaffen) in einem „Hof“ dar. Es handelt sich somit um ein „redendes“ Wappen. Von 1583 an geben Zeichnungen die jetzige, gleichfalls „redende“ Wappenfigur wieder, die – in vereinfachter Form – auch als Marksteinzeichen belegt ist. Nachdem diese Figur in Siegeln des 20. Jahrhunderts infolge eines Missverständnisses zu einer Sonne umgewandelt worden war, kam die Gemeinde 1956 zur Priestertonsur (kahler Schädel mit Haarkranz) zurück. Das Wappen wurde am 13. November 1956 vom Innenministerium bestätigt, die Flagge am 31. Januar 1980 vom Landratsamt verliehen. Die Gemeindefarben sind Rot-Weiß. red
